Phan Cư Chánh sinh năm Giáp Tuất (1814) ở thôn Tiến Lộc, huyện An Phước, đạo Ninh Thuận (nay thuộc tỉnh Ninh Thuận). Tổ bốn đời của ông là người Phúc Kiến (Trung Quốc) di cư sang Việt Nam, rồi định cư tại nơi ấy.

Thiệu Trị năm đầu (1841), Phan Cư Chánh thi đỗ cử nhân, được bổ làm tri huyện Tân Thạnh (thuộc Gia Định)[1]. Sau, vì xảy ra việc tranh tụng, ông phải bị cách chức.

Tự Đức năm thứ 14 (1861), tháng 2, quân Pháp đánh hạ đại đồn Chí Hòa, Lúc bấy giờ Phan Cư Chánh đã mộ được hơn nghìn nghĩa quân, liền mang hết vào Nam để cùng với Phó lãnh binh Trương Định tổ chức kháng chiến. Vì vậy, ông được triều Nguyễn cho khôi phục quan tịch, sau thăng làm Thị giảng học sĩ.

Tuy nhiên, trước vũ khí mạnh của đối phương, ít lâu sau, Trương Định phải dẫn quân lui về Gò Công; còn Phan Cư Chánh cũng phải cho quân rút về Giao Loan lập chiến khu.

Tháng 6 năm 1862, triều đình Huế ký kết Hòa ước Nhâm Tuất với Pháp. Sau đó, ông nhận lệnh trở về kinh (Huế) làm Thị độc học sĩ, sung chức Khánh Hòa Điền nông sứ để lo việc khẩn hoang.

Ở Khánh Hòa, ông cùng với Bình Thuận Doanh điền sứ Nguyễn Văn Phương, đốc suất người dân đào "một con kênh có tên là Đồng Mới, dài 1.023 trượng, làm cho hơn hai nghìn mẫu ruộng đất có nước cày cấy, dân được tiện lợi"[2].Ngoài ra, ông còn tìm mọi cách để giúp đỡ những sĩ phu và người dân ở Nam Kỳ, đã đi ra đấy "tị địa" [3].

Năm 1873, vua Tự Đức xuống dụ hỏi ông về khoản "tiến cử những người miền Nam có tài đức để dùng". Ông liền làm bản tâu tiến cử 6 người đó là: Phan Tiến, Trà Quý Bình, Đoàn Tiến Thiện, Nguyễn Trạch và Phan Liêm [4].

Năm 1879, gặp tiết Hoàng Thái hậu (Từ Dũ) thất tuần đại khánh, Phan Cư Chánh được chọn về triều dự lễ. Nghe tiếng ông, vua Tự Đức cho mời vào điện riêng hỏi han nhiều việc, được vua khen là người có trung nghĩa và khẳng khái. Sau đó, ông được thăng Thị lang bộ Hộ, nhưng vẫn sung làm Khánh Hòa Điền nông sứ như cũ.

Năm 1883, ông được triệu về làm quan ở kinh (Huế). Đầu năm Kiến Phúc (1884), vì tuổi già, Phan Cư Chánh xin về nghỉ rồi mất ở tuổi 71 [5].

Ông là người giao thiệp rộng, có nhiều bạn thân, trong số đó có Nguyễn Thông, Trương Gia Hội, Phan Liêm,....